Die Institute und Seminare der Fakultät repräsentieren das Spektrum der Lehr- und Forschungslandschaft der Philosophischen Fakultät. Ihnen obliegt auch die Organisation der Lehre, die fachbezogene Studienberatung sowie die Verwaltung ihrer Finanzen. Jedes Institut ist einer der acht Fächergruppen der Fakultät zugeordnet.

Neben den so definierten Instituten existieren eine Reihe von Forschungsinstituten und Arbeitsstellen, die jeweils von einem der regulären Institute bzw. Seminare koordiniert werden.

• Forschungsarchiv für antike Plastik (Archäologisches Institut)
• Institut für Ethik in den Lebenswissenschaften (Philosophisches Seminar)
• Husserl-Archiv (Philosophisches Seminar)
• Internationales Kolleg Morphomata
• Petrarca-Institut (Romanisches Seminar)
• Zentrum Portugiesischsprachige Welt (Portugiesisch-Brasilianisches Institut)
• Thomas-Institut (Philosophisches Seminar)
• Zentrum für Mittelalterstudien (Historisches Institut)